-Директор
- зам. директора по экспозиционно-методической работе
-Заместитель директора по культурно-образовательной работе и связям с общественностью
-Главный хранитель
-Заместитель директора по хозяйственной деятельности -Главный бухгалтер

- Канцелярия
- Отдел по информатизации и редакционно-издательской деятельности
- Научно-исследовательский отдел
- Отдел культурно-образовательной работы
- Библиотека
- Отдел маркетинга и по связям с общественностью
- Отдел выставочной деятельности
- Отдел документальных материалов
- Научно-фондовый отдел
- Отдел природы
- Отдел "Планетарий"
- Отдел "Мемориальный музей "Следственная тюрьма НКВД"