Уникальные коллекции музея

• Коллекция бронзовой культовой металлопластики Кулайской культуры V – II вв. до н.э. – 248 ед.хр.
• Восточная коллекция – 800 ед. хр.
• Этнографическая коллекция коренных народов Сибири – более 2000 ед.хр.
• Коллекция старообрядческой заимки I половины XX в. (север Томской области) – 1338 ед.хр.
• Собрание рукописных и старопечатных книг. ( Книга Степенная царского родословия. Рукопись. II пол. XVI в.; Русский Хронограф. Рукопись. XVII в.; Евангелие. Г.Вильно. Петр Мстиславец. 1575 г. и др.)
• Нумизматическая коллекция – 4414 ед.хр. (Русские серебряные монеты XV – XVI вв.; русские серебряные монеты I пол. XIX – нач. XX вв.)
• Коллекция мебели – 247 ед.хр. ( Гарнитур особняка золопромышленника И. Д. Асташева. Стиль ампир.; Набор резной мебели. Китайский стиль. Конец XIX в.; Французский гарнитур XVIII в.)
• Коллекция керамики –русский, китайский, японский фарфор, западноевропейская керамика – 450 ед.хр. ( Альбарелло. Аптечный сосуд. Италия. 1618 г.; Дельфтские вазы. Голландия. XVII – XVIII вв.; Ваза. Фарфор. Китай. XV в.-правления императора Сэйка.)
• Фонд личных писем П.И.Потанина, исследователя Центральной Азии, идеолога сибирского областничества – 185 писем.
• Личный фонд К. К. Лыгина, сибирского архитектора – 292 ед.хр.